Balto est, bien entendu, le personnage principal de l'histoire. Rejeté par la ville dû à ses origines (son père est un husky et sa mère une louve, donc un bâtard), celui-ci a été élevé par Boris, l'oie un peu russe sur les bords, dans une carcasse de bateau échoué à l'extérieur de Nome.

Il est passionné par les courses de chiens, ce qui l'amènera à rencontrer Jenna, une jolie husky pure race très populaire dont il tombe rapidement amoureux. Mais sa rencontre avec Steele (le chien de tête de l'attelage respecté par tous) et ses acolytes est des moins amicales, et il devra faire face à cette situation plusieurs fois dans le film, seul son courage et son bon sens lui permettant de leur tenir tête.

L'épidémie de diphtérie déclarée, Balto tente absolument tout ce qui est en son pouvoir pour pouvoir rapporter le médicament et ainsi guérir Rosy, la jeune maîtresse de Jenna. C'est pourquoi Endurance, Fidélité et Intelligence sont les mots qui lui sont atribués.

Jenna est une jeune husky appartenant à la petite fille Rosy. Elle a pour habitude de cotoyer d'autres chiennes comme elles, Dixie et Silvie, et toutes sont convoitées par les autres chiens. Alors que toutes admirent Steele, Jenna repousse les avances qu'il lui fait : elle n'aime pas être prise pour un objet que l'on peut manipuler à sa guise.

Lorsqu'elle rencontre Balto, elle est d'abord surprise puis intriguée, et malgré qu'il ne lui laisse pas le temps de dévoiler ses sentiments, elle se rends compte qu'elle l'aime aussi, elle fera donc tout pour aider Balto à accomplir son destin.

Steele est le chien de tête le plus admiré de la ville, et également le plus vil et sournois. Il aimerait s'approprier l'amour de Jenna, mais celle-ci le repousse, tandis qu'elle semble protéger Balto; celui-ci n'étant pas dupe, il s'engage lui et ses acolytes du traîneau (dont Nikki, Kaltag et Star font partie) à mettre des bâtons dans les roues de Balto. Dans un esprit de vengeance, Steele est capable de tout pour obtenir ce qu'il veut, et il se moque bien de ce qui peut arriver aux habitants de la ville.

Boris est une oie qui a quitté sa russie natale pour s'installer à Nome. Boris est en quelque sorte le père adoptif de Balto, c'est lui qui lui a appris la vie et qui lui donne toujours des conseils même dans les pire situations. Même s'il a l'air toujours grognon, il est sage et rempli de bon sens. En plus de Balto, il s'occupe aussi de deux jeunes ours polaires, Muk et Luk. Tout ce qu'il souhaite dans la vie, c'est d'obtenir le meilleur avenir pour ses "enfants". C'est également le comique de service, du fait qu'il arrive toujours à se mettre dans des situations cocaces...

Rosy est la maîtresse de Jenna. La diphtérie n'épargnant personne, elle tombe malade, au grand regret de ses parents et de Jenna qui ont peur de la perdre, et c'est également ce qui poussera Balto à tenter l'impossible pour la sauver. C'est une petite fille tout ce qu'il y a de plus gentil et adorable.

Muk et Luk sont deux jeunes ours polaires, qui ont la particularité de ne pas savoir nager. Ou du moins c'est ce dont il sont convaincus...Ils sont du genre bout en train, farceurs et difficiles à maîtriser, ce qui ne les empêche pas d'aimer profondément leur oncle Boris et Balto.

Nikki, Kaltag et Star font tous les trois parties du meilleur traîneau de la ville, dirigé par Steele. Même s'ils respectent et aident Steele à se débarasser de Balto, ils n'en pensent pas moins de ses agissements. Le plus important pour eux reste de faire leur devoir, quel que soit la situation, et en particulier lorsqu'il faudra rapporter le sérum.

Scénario

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